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Informations utiles

La bonne amorce (comment réduire les risques de choisir des "mauvaises" amorces)
Les oligonucléotides "dégénérés": un mélange de molécules d'ADN non dégénérées
La nomenclature internationale des nucléotides "dégénérés"
La théorie de la synthèse d'ADN
D'autres fournisseurs d'ADN


La bonne amorce (comment réduire les risques de choisir des "mauvaises" amorces)

Il y a plusieurs logiciels sur le marché, qui vous aideront choisir la séquence d'un oligonucléotide.  Vous pouvez trouver des renseignements et des versions "démo" téléchargeables à l'aide des outils de recherche sur le Web (Yahoo, Google, Bing et d'autres).  Lorsque vous choisissez une paire d'amorces pour la PCR, les règles de base sont:

Les oligonucléotides "dégénérés": un mélange de molécules d'ADN non dégénérées

La nomenclature internationale inclut des abréviations pour les bases "normales" d'ADN : les purines G (Guanine) et A (Adénine), les pyrimidines C (Cytosine) et T (Thymine) ; en plus, il existe 11 lettres supplémentaires pour les bases "dégénérées". En fait, les bases dans un oligonucléotide ne sont pas dégénérées. Ce qui est dégénéré est la position, et non la base elle-même. Donc, lorsque vous commandez votre ADN, n'oubliez pas que mettre S (signifiant G ou C) dans la séquence résultera dans un produit dont environ 50 % des brins d'ADN auront un G dans cette position et les autres 50 % posséderont un C. Si dans la séquence de votre oligonucléotide commandé vous avez 4 positions "N", c'est-à-dire des positions complètement dégénérées (G ou A ou T ou C = N), le produit final contiendra 256 types distincts de brins complets d'ADN. Si vous planifiez utiliser cet oligonucléotide (en effet c'est un mélange équimolaire d'oligonucléotides différents) pour une amplification par PCR et un clonage, vous pourriez obtenir 256 clones différents (en plus, la réaction de PCR va ajouter elle-même des mutations).

Nous synthétisons des oligonucléotides à des positions "dégénérées" sans frais additionnels. Veuillez utiliser la nomenclature internationale :

R = G ou A
K= G ou T
S = G ou C
W = A ou T
M = A ou C
Y = T ou C
D = G ou A ou T
V = G ou A ou C
B = G ou T ou C
H = A ou T ou C
N = G ou A ou T ou C

La théorie de la synthèse d'ADN.  Visitez le site de Wikipedia pour une brève description de la synthèse d'oligonucléotides.

D'autres fournisseurs d'ADN

Vous pourriez visiter le site Web de l'Institut de cancer "Dana-Farber" (Université Harvard, États-Unis) pour une liste de fournisseurs d'ADN.


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